รัฐบาลไทยสถาปนาความสัมพันธ์ทางการกงสุลกับรัฐบาลแอฟริกาใต้เมื่อวันที่ 9 มีนาคม 2535 โดยรัฐบาลแอฟริกาใต้ได้เปิดสถานกงสุลใหญ่ที่กรุงเทพฯ เมื่อเดือนกันยายน 2535 และรัฐบาลไทยได้เปิดสถานกงสุลใหญ่ที่นครโจฮันเนสเบอร์ก ซึ่งเป็นศูนย์กลางทางธุรกิจของแอฟริกาใต้ เมื่อเดือนตุลาคม 2535

ต่อมาทั้งสองประเทศได้สถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตระหว่างกันอย่าง เต็มตัวเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม 2536 และไทยได้เปิดสถานเอกอัครราชทูตไทย ที่กรุงพริทอเรีย เมืองหลวงของแอฟริกาใต้ แทนสถานกงสุลใหญ่ที่นครโจฮันเนสเบอร์ก โดยที่ทำการสถานเอกอัครราชทูตแห่งแรก ตั้งอยู่ที่เลขที่ 840 ถนนเชิรชร์ (Church Street) ย่านอีสวู๊ต กรุงพริทอเรีย

ในเดือนกรกฎาคม 2543 สถานเอกอัครราชทูตฯ ได้ย้ายมาที่ที่ทำการปัจจุบันที่เลขที่ 248 ถนนฮิลล์ (Hill Street) ซึง สำนักงานส่งเสริมการค้าในต่างประเทศใช้เป็นพื้นที่สำนักงานอยู่ก่อนแล้ว เพื่อให้สอดคล้องกับเจตนารมณ์ของรัฐบาลไทยที่ต้องการให้หน่วยงานราชการของ ไทยในต่างประเทศ อยู่ร่วมกันในพื้นที่สำนักงานแห่งเดียว เพื่อความสะดวกในการติดต่อประสานงาน การให้บริการผู้มาติดต่อ รวมทั้งเป็นการใช้ภาษีอากรของประชาชนให้คุ้มค่าและประหยัดค่าใช้จ่ายที่สุด ด้วยการมีสำนักงานร่วมกันเพียงแห่งเดียว โดยสถานที่ดังกล่าวอยู่ในทำเลที่ง่ายต่อการติดต่อ คือ หัวมุมของถนนฮิลล์กับถนนพริทอเรียส ซึ่งเป็นถนนหลักสายหนึ่งในกรุงพริทอเรีย มีลานสนามหญ้าที่งดงามที่สามารถใช้จัดกิจกรรมอเนกประสงค์ได้ และมีพื้นที่สำนักงานที่กว้างขวาง ซึ่งต่อมาเมื่อเดือนกันยายน 2551 สำนักงานผู้ช่วยทูตฝ่ายทหาร ณ กรุงพริทอเรีย ก็ได้เปิดดำเนินการในบริเวณพื้นที่ดังกล่าวเช่นกัน

เอกลักษณ์ที่โดดเด่นประการหนึ่งของสถานเอกอัครราชทูต ณ กรงพริทอเรีย คือ ศาลาทรงไทยที่ตั้งเด่นอยู่ในมุมหนึ่งของสนามหญ้าใหญ่ด้านหน้าของสถานเอกอัคร ราชทูตฯ ศ่าลาไทยดังกล่าว สร้างขึ้นเมื่อปี 2536 เพื่อเฉลิมฉลองวาระครบรอบ 10 ปีการสถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตระหว่างกัน ไทยและแอฟริกาใต้